Rodzina Beksińskiego związana była z Sanokiem od kilku pokoleń. Pradziadek Zdzisława, Mateusz jako pierwszy przybył do miasta i w latach 40. XIX wieku założył Zakłady Kotlarskie, które dały początek późniejszej fabryce wagonów i autobusów Autosan. Dziadek, Władysław był architektem miejskim i autorem wielu projektów budynków i terenu miasta Sanoka. Łącznie pięć pokoleń Beksińskich od 2. poł. XIX wieku do końca lat 70. XX wieku zamieszkiwało w domu przy ulicy Jagiellońskiej w Sanoku[2]. Ojciec Zdzisława, Stanisław (1887-1953) żołnierz armii Hallera i działacz TG „Sokół”[3], był inżynierem geometrą, mierniczym przysięgłym[4], także pracował w wydziale budowlanym miejskiego magistratu. Matką Zdzisława była Stanisława, z d. Dworska[5] (nauczycielka[6], korepetytorka, tworzyła także rysunki i malowała akwarele[7]). Zdzisław Beksiński był ich jedynym dzieckiem[8]. Jego rodzicami chrzestnymi byli Franciszek Orawiec (wiosną 1940 roku zamordowany w Katyniu) i Helena Potocka z d. Dworska[9]. Siostrą jego matki była Maria, żona Stanisława Potockiego[10].
W czasie II wojny światowej Zdzisław Beksiński uczęszczał do sanockiej szkoły handlowej Polnische Öffentliche Handelsschule (obecnie Zespół Szkół nr 1 w Sanoku), jednocześnie pobierając edukację w tajnym gimnazjum. Wówczas uczył się także gry na fortepianie. W 1947 roku zdał maturę w klasie o profilu matematyczno-fizycznym Liceum Ogólnokształcącego w Sanoku[11][12] (wykonał wówczas pamiątkowe maturalne tableau[13]), po czym rozpoczął studia na Wydziale Architektury Politechniki Krakowskiej. W trakcie studiów, 30 kwietnia 1951 roku zawarł związek małżeński z Zofią Heleną Stankiewicz (ur. 1928) w jej rodzinnej miejscowości Dynowie[1][14][5]. 31 maja 1952 uzyskał tytuł inżyniera architekta i magistra nauk technicznych[1][15][a]. Po ukończeniu studiów w 1952 roku, zobowiązany ówczesnymi przepisami o nakazie pracy, nadal mieszkał w Krakowie, a później w Rzeszowie.
W 1955 roku, po kilku latach pracy w budownictwie na stanowisku inspektora nadzoru na budowach socjalizmu[16], powrócił wraz z żoną na stałe do Sanoka. Wcześniej był radnym Miejskiej Rady Narodowej w Sanoku: od 1953 do 1954 zasiadał w Komisji Urządzania Osiedli[17], później wybrany radnym w 1958[18]. Od 1955 należał do sanockiego oddziału Polskiego Towarzystwa Fotograficznego. 26 listopada 1958 roku na świat przyszło ich jedyne dziecko, syn Tomasz. Od 1959 roku do początku lat 70. Beksiński pracował jako stylista (określany wówczas jako plastyk) w Dziale Głównego Konstruktora Sanockiej Fabryki Autobusów „Autosan”, założonej przez Mateusza Beksińskiego, pradziada artysty. Opracował tam stylistykę takich prototypowych autobusów i mikrobusów jak: SFW-1 Sanok, SFA-2, SFA-3, SFA-4 Alfa (1964) i SFA-21 (projektował m.in. nadwozia autobusowe, sposób lakierowania[20] i znaki graficzne firmy). Tworzone przez niego projekty wyróżniały się m.in. nowatorską stylizacją, przeszkleniem oraz wprowadzaniem rozwiązań ergonomicznych. Zazwyczaj pracował w fabryce na pół etatu, jako że resztę czasu poświęcał swoim pasjom artystycznym (fotografia, rzeźba, rysunek, malarstwo). Ponadto był projektantem wiszącej kładki na Sanie łączącej Sanok z Białą Górą, częścią miasta na prawym brzegu rzeki (budowana od 1958, otwarta 15 sierpnia 1959, zlikwidowana w 2. poł. lat 80 XX w., obecnie w jej miejscu istnieje most). W międzyczasie, w 1960 roku odrzucił propozycję stypendium Muzeum Guggenheima w Nowym Jorku[23]. Należał do sekcji grafiki Związku Polskich Artystów Plastyków Okręgu w Warszawie[1]. Zdzisław Beksiński udzielał się charytatywnie, przekazując swoje obrazy na aukcje w szczytnych celach, m.in. na rzecz Towarzystwa Pomocy im. św. Brata Alberta.
Beksińscy zdecydowali się opuścić Sanok latem 1977 roku, po decyzji władz miasta o rozbiórce rodzinnego domu Beksińskich przy ulicy Jagiellońskiej nad Potokiem Płowieckim. Twórca od 1976 organizował nowe miejsce pracy w Warszawie, a po roku wraz z żoną i synem przeniósł się do stolicy, zamieszkał w apartamencie M-5 w bloku przy ulicy Sonaty na Służewiu i tam spędził resztę życia. Wraz z małżeństwem zamieszkała matka artysty, Stanisława oraz matka Zofii, Stanisława Stankiewicz. Syn Tomasz zamieszkał samodzielnie w mieszkaniu położonym nieopodal. Obie matki wymagały opieki ze względu na ich wiek (matka Beksińskiego stała się obłożnie chora) i zmarły w mieszkaniu artysty. W późniejszych latach także żona artysty zapadła na chorobę, w wyniku której zmarła 8 maja 1998 roku. Ich syn, Tomasz, popełnił samobójstwo rok później, 24 grudnia 1999 roku. W związku z tymi wydarzeniami oraz twórczością i śmiercią samego artysty, rodzina Beksińskich jest określana przez niektórych jako „przeklęta”.
Pogrzeb Zdzisława Beksińskiego odbył się 8 marca 2005 roku na Cmentarzu Centralnym w Sanoku. Uroczystościom przewodniczył gwardian kościoła Franciszkanów w Sanoku, o. Stanisław Glista. Rodzina Beksińskich (Zdzisław, jego żona Zofia, dziadkowie Władysław i Helena, rodzice Stanisław i Stanisława oraz syn Tomasz) jest pochowana w grobowcu rodzinnym pierwotnie zaprojektowanym przez Władysława Beksińskiego. Nagrobek, poza lakoniczną inskrypcją zawierającą nazwisko rodziny, nie posiada informacji dotyczących jej członków i danych dotyczących dat narodzin i śmierci. Dzień pogrzebu był w Sanoku oficjalnym dniem żałoby.